Алексеевская пустынь основана как подворье женского Переславского Феодоровского монастыря в конце 19 века и использовалась как летняя пустынь.

Однопрестольная каменная церковь Алексия, человека Божия, с колокольней построена на средства А. А. Ашукиной в 1888-1891 годах. 28 июля 1891 года церковь освящена.

В 1923 году монастырь и храм закрыты. С этого времени являлся сначала коммуной, а затем отделением совхоза. Разрушены купол и колокольня, в здание храма устроено зернохранилище, позже склад удобрений. С 1970-х годов монастырь заброшен.

В начале 1990-х годов храм возвращён верующим. 23 марта 2005 года состоялась первая служба.

В 1999 году открыта детская гимназия. В 2003 году на втором этаже Кадетского корпуса имени Александра Невского при Алексиевской пустыни устроена домовая церковь Александра Невского.